La principal función de la Dirección de Relaciones Exteriores es unir las sociedades vascas de las dos orillas del Bidasoa y establecer relaciones estrechas entre ellas, es decir, reforzar la estructura de la Eurociudad vasca.

Para lograr esos objetivos es necesaria la convivencia entre los municipios de Donostialdea y Baiona–Anglet–Biarritz, para ello, se han reforzado los programas de inversiones y los recursos necesarios, además de promover las relaciones entre las instituciones transfronterizas. 

 Asimismo, cuenta con otras misiones: representar a la Diputación Foral de Gipuzkoa en las instituciones de la Unión Europea , en el Consejo de Europa, ante gobiernos nacionales y similares, dirigir la representación o garantizar la presencia del Departamento y de la Diputación Foral de Gipuzkoa en la Conferencia de las Ciudades del Arco Atlántico (CCAA), la red Metrex , la Misión Operacional Transfronteriza (MOT) y en organismos similares, así como promover las relaciones con la diáspora guipuzcoana.

Cabe destacar la reciente firma entre la Comunidad Autónoma de Euskadi, el Territorio Histórico de Guipuzkoa, la Prefectura de los Pirineos Atlánticos, el Consejo Regional de Aquitania y el Consejo General de Pirineos Atlánticos, que entendiendo que deben mejorar conjuntamente la organización de sus relaciones, y tomando parte en una instancia común de información, de concertación y de coordinación  firmando la denominada “Conferencia Euro-regional”.